Orgelbygger: Bruno Christensen&Sønner, Terkelsbøl.
Byggeår: 2006.
Intonatør: Peter Christensen, Terkelsbøl.
Konsulent: Domorganist Svend Prip, Haderslev.
Arkitekt: Lehn Petersens Tegnestue, Odense.
Orgelet, der har mekanisk tastatur og registratur samt kilebælg, er på 16 stemmer fordelt på 2 manualer og pedal, og dets disposition er som følger:
HV: Principal 8', Rørfløjte 8', Oktav 4', Salizet 4', Nazat 2 2/3', Tværfløjte 2', Mixtur III kor (2'), Trompet 8'.

SV: Blokfløjte 8', Salicional 8', Traversfløjte 4', Oktav 2', Sesquialter II kor, Fagot-Obo 8'. Tremolant.

PED: Subbas 16', Oktav 8', Rauschquint II kor, Basun 16'.

Kopler: P+HV / P+SV / HV+SV / SV+16'.

(Stemmerne, der er anført i kursiv, er forberedte til senere indbygning).

Til erstatning for det gamle udtjente orgel fra 1904, blev der 1. søndag i advent 2006 indviet et nyt orgel til Sønderho Kirke. Det er bygget af Orgelbyggeriet Bruno Christensen & Sønner, Terkelsbøl, og har 16 stemmer, fordelt på 2 manualer og pedal. (1072 piber). Med det nye orgel, der er tegnet af arkitekt Ebbe Lehn Petersen og intoneret af Peter Christensen, er det lykkedes at skabe et usædvanligt helstøbt instrument, der klangligt såvel som arkitektonisk, klæder dette store, smukke kirkerum på fornemmeste vis.