Unikt for kirken er de mange kirkeskibe. Der er i alt 15, således at Sønderho Kirke er den kirke i Danmark, der har flest kirkeskibe. Det største af dem, fregatten, der hænger nærmest alteret, siges at være drevet i land på stranden ud for Sønderho. Den stammer sandsynligvis fra Holland, men hvordan den er kommet herop, får stå hen i det uvisse. Fregatten er det eneste orlogsskib, der hænger i kirken, men i kølvandet af den hænger et andet skib, der når man ser efter, har 4 kanoner om bord. Et godt gæt vil derfor være, at det skal forestille en kaper fra englandskrigene i begyndelsen af 1800-tallet. De resterende er med få undtagelser ikke modeller, men er lavet af lokale søfolk efter hukommelsen. Undtagelserne er fyrskibet ”Horns Rev” og den dobbeltskrogede motorredningsbåd. Den sidstnævnte er i øvrigt aldrig kommet ud over modelstadiet. Det seneste af de 15 kirkeskibe er en lille evert, som en af byens beboere lavede i 1996.