Kirkens ældste inventar er døbefonten, der er typisk for 1200-tallet. Med lidt god vilje kan man hist og her skimte den originale bemaling. Til døbefonten er der et dåbsfad med et relief af Adam og Eva. Det stammer fra ca. 1600, men er antagelig først kommet til kirken meget senere, efter at man fra tilsynets side fandt, at et andet dåbsfad fra 1766 var for lille og at man derfor opfordrede til at anskaffe et andet fad ”af passende størrelse”.

 
Alterpartiet er fra begyndelsen af 1700-tallet og på alterforsiden ses en afbildning af et skib sammen med verset:

Jeg segler tryg og vel igiennem Verdens Bølger, 
Gud som min Soel og Skiold mig hver en Time følger,
Min Ladning er Guds Ord med Sacramenterne
for Hver som agter sig Guds Salighed at see.

Altertavlen er barok og ifølge en malet indskrift bekostet af menigheden i 1717. Den viser Den Sidste Nadver og har de fire evangelisters symboler i hjørnerne. Desuden er der over nadverbilledet en gråmalet indramning, hvor den nævnte indskrift står. Denne indramning kan måske stamme fra navnepladen på et skib.

Til højre for alteret i kirkens sydøstlige hjørne, står den tidligere skriftestol, der nu benyttes som sakristi. Skriftestolen stod i den gamle kirke fra før 1782 ved siden af døbefonten, og det antages derfor, at skriftestolens nuværende plads dengang var optaget af prædikestolen, der her stod frit. At den har stået et andet sted end der, hvor den nu er placeret, kan bl.a. ses af teksten omkring prædikestolens kant. Der stod oprindeligt ”Suggestus extructus est” (forhøjningen, dvs. prædikestolen er opstillet), men de to første stavelser mangler nu, således at der er fjernet to paneler for at præsten kan komme op på prædikestolen fra siden.  Prædikestolen, der viser relieffer af den korsfæstede Kristus med de fire evangelisters symboler omkring, er fra ca. 1600, og på prædikestolens himmel står årstallet 1661.

Ifølge de gamle optegnelser stod der i kirkens sydøstlige hjørne, altså foran prædikestolen, en degnestol. Det kan derfor antages, at lågen herfra er den, der nu er foran trappen op til prædikestolen. Læsepulten og den ekstra forhøjelse kunne tyde på dette. Sidstnævnte oven i købet på en nærsynet degn!

Stolestaderne stammer fra renoveringen af Ribe Domkirke i 1903, hvor de blev skænket til Sønderho Kirke. De blev efterfølgende malet i de traditionelle Fanø-farver. Da kirkegængerne i tidligere tid havde faste pladser i kirken, pladser som de lejede på livstid, lavede man omkring 1770 langs kirkens nordvæg et pulpitur, hvor udefra kommende kunne sidde. Dette pulpitur blev overført til den nye kirke, da den blev opført i 1782.

Overalt i kirken ses et stort antal lysekroner og lampetter i messing. De er gennem tiderne blevet skænket af medlemmer af menigheden. Man kan således se, at det ikke altid har været et fattigt sogn, men at skibsfarten kastede helt pænt af sig. At de er kommet til efterhånden kan man se af, at der ikke er to af dem, der er ens.

En genstand, som man meget sjældent ser i kirker, er uret, der hænger over sakristiet. Det blev skænket kirken i 1783 efter indvielsen, og efter i over 40 år at have stået stille, blev det i 1912 renoveret og genophængt i kirken. Uret er således stadig funktionsdygtigt, men af praktiske årsager har man atter sat det i stå.